Gestion RH et administration du personnel
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Contrôler les indemnités journalières et la prévoyance pendant les arrêts de travail
Pendant un arrêt de travail, trois flux se croisent : le salaire maintenu par l'employeur, les indemnités journalières de la sécurité sociale et les prestations de prévoyance. Quand l'un d'eux n'est pas rapproché des deux autres, quelqu'un perd de l'argent.
Pourquoi les arrêts de travail créent des écarts
Un arrêt maladie paraît simple à traiter : le salarié est absent, la caisse verse des indemnités journalières, l'employeur complète. En pratique, les montants se croisent sans jamais être rapprochés. L'employeur déduit des indemnités qu'il estime sans savoir si elles ont été versées. La caisse paie avec retard, ou ne paie pas parce qu'une condition manque. L'organisme de prévoyance prend le relais après une franchise que personne n'a suivie. Le salarié, lui, constate que son net a baissé, ou parfois qu'il a reçu deux fois la même somme.
Notre mission consiste à rapprocher ces flux : ce qui était dû, ce qui a été payé, ce qui a été déduit, et ce qui a été reçu. Elle s'adresse aux employeurs qui pratiquent la subrogation comme à ceux qui ne la pratiquent pas, que la paie soit produite chez nous ou ailleurs.
Les règles de base à vérifier
Les indemnités journalières maladie sont versées après un délai de carence de trois jours. Elles représentent 50 % du salaire journalier de base, qui correspond, pour un salarié mensualisé, au total des trois derniers salaires bruts divisé par 91,25. Pour les arrêts débutant à compter du 1er avril 2025, le salaire pris en compte est plafonné à 1,4 fois le Smic, contre 1,8 fois auparavant. L'ouverture du droit suppose des conditions d'activité ou de cotisation minimales, plus exigeantes au-delà de six mois d'arrêt. Depuis le 1er septembre 2026, la durée des arrêts prescrits est par ailleurs encadrée, ce qui multiplie les prolongations et donc les signalements à suivre.
Le contenu de la mission
Les points que nous contrôlons
Subrogation ou paiement direct
Avec la subrogation, l'employeur maintient le salaire et perçoit à la place du salarié les indemnités journalières. L'article R323-11 du Code de la sécurité sociale prévoit que l'employeur qui maintient le salaire, en tout ou partie sous déduction des indemnités journalières, est subrogé de plein droit lorsque le salaire maintenu est au moins égal à leur montant. Sans subrogation, la caisse paie directement le salarié et l'employeur déduit les indemnités de son complément. Les deux systèmes fonctionnent, à condition d'être suivis.
Rapprochement des IJSS attendues et versées
Pour chaque arrêt, nous calculons les indemnités attendues à partir des salaires de référence, de la carence et du plafond, puis nous les comparons aux bordereaux de paiement des indemnités journalières disponibles sur net-entreprises ou aux relevés du salarié. Les écarts ont toujours une explication : signalement incomplet, condition d'ouverture non remplie, paiement suspendu, arrêt prolongé non transmis.
IJSS déduites mais non reçues, reçues mais non déduites
Ce sont les deux erreurs les plus fréquentes. Dans le premier cas, l'employeur a retenu sur le bulletin des indemnités que la caisse n'a jamais versées : le salarié a perdu une partie de son revenu. Dans le second, l'employeur a perçu les indemnités en subrogation sans les déduire, ou a maintenu le salaire intégral alors que la caisse payait aussi le salarié : il a payé deux fois. Nous identifions chaque cas et proposons la régularisation.
Maintien de salaire légal et conventionnel
Le Code du travail, à l'article L1226-1, impose un complément employeur au salarié qui a au moins un an d'ancienneté, sous conditions. Il est versé après sept jours d'absence, sauf accident du travail ou maladie professionnelle, à hauteur de 90 % de la rémunération brute puis des deux tiers, pendant des durées qui augmentent avec l'ancienneté. Beaucoup de conventions collectives et d'accords d'entreprise prévoient mieux : maintien intégral, carence réduite ou supprimée, durées plus longues. Nous appliquons la règle la plus favorable et vérifions le décompte des jours déjà indemnisés sur les douze mois précédents.
Relais de la prévoyance
Lorsque le maintien de salaire prend fin, le contrat de prévoyance prend le relais selon ses propres conditions : franchise, niveau de garantie, éventuelle garantie de net. Il faut déclarer l'arrêt à l'organisme, lui transmettre les justificatifs des indemnités journalières et intégrer en paie les prestations reçues. Un relais mal déclaré laisse le salarié sans complément pendant des semaines. Pour les cadres, l'accord national interprofessionnel du 17 novembre 2017 relatif à la prévoyance des cadres impose par ailleurs une cotisation patronale minimale.
Cotisations et prélèvements
Les indemnités journalières ne supportent pas les cotisations salariales, mais la CSG et la CRDS propres aux revenus de remplacement. Le complément versé par l'employeur est un salaire, soumis aux cotisations comme tel. Les indemnités complémentaires de prévoyance sont soumises à cotisations à proportion de la participation de l'employeur au financement du contrat. Un traitement inexact sur le bulletin fausse à la fois le net du salarié et les cotisations déclarées.
Déroulement
Le déroulement de la mission
01
Inventaire des arrêts
Nous dressons la liste des arrêts de la période étudiée, à partir des bulletins, des signalements d'arrêt de travail transmis en DSN et des avis d'arrêt reçus. Pour chacun : dates, nature, prolongations, reprise, temps partiel thérapeutique éventuel.
02
Calcul des droits
Pour chaque arrêt, nous calculons les indemnités journalières théoriques, le complément employeur légal et conventionnel, et les prestations de prévoyance prévues par le contrat. Le résultat est le montant que chaque partie aurait dû verser.
03
Rapprochement des flux réels
Nous comparons ces montants avec ce qui a été réellement payé et reçu : bulletins, bordereaux de paiement des indemnités journalières, relevés de l'organisme de prévoyance, relevés bancaires si nécessaire. Le tableau d'écarts distingue ce qui revient au salarié, à l'employeur et aux organismes.
04
Régularisations
Nous établissons les régularisations en paie, les demandes de paiement ou de remboursement auprès de la caisse et de l'organisme de prévoyance, et les signalements manquants. Les régularisations de salaire suivent les règles exposées sur notre page correction de bulletins de paie.
05
Procédure pour l'avenir
Nous vous remettons une procédure simple de suivi des arrêts : signalement, suivi des paiements, relance de la caisse, déclaration à la prévoyance, intégration en paie. Si nous produisons votre paie, ce suivi devient mensuel.
Le signalement d'arrêt en DSN, point de départ de tout
L'employeur signale chaque arrêt de travail par un signalement d'événement en DSN, qui tient lieu d'attestation de salaire pour la caisse d'assurance maladie. Ce signalement est à transmettre dans les cinq jours qui suivent la connaissance de l'arrêt. L'employeur qui pratique la subrogation peut aussi choisir de les transmettre avec la DSN mensuelle. Le signalement porte les salaires de référence, la demande de subrogation éventuelle avec ses dates, et, le cas échéant, la reprise anticipée. Un signalement absent, tardif ou incomplet retarde le paiement des indemnités, et c'est souvent là que commencent les écarts.
Le maintien de salaire légal, en pratique
Le complément employeur prévu par l'article L1226-1 du Code du travail suppose que le salarié justifie d'au moins un an d'ancienneté, qu'il ait transmis son certificat d'arrêt dans les 48 heures, qu'il soit pris en charge par la sécurité sociale et soigné en France ou dans un État de l'Espace économique européen. Les travailleurs à domicile, les salariés saisonniers, intermittents ou temporaires en sont exclus. Le complément est versé à partir du huitième jour d'absence, ou dès le premier jour en cas d'accident du travail ou de maladie professionnelle. Il garantit 90 % de la rémunération brute pendant trente jours puis les deux tiers pendant trente jours, chaque durée étant augmentée de dix jours par période entière de cinq ans d'ancienneté au-delà de la première année, sans pouvoir dépasser quatre-vingt-dix jours. Les indemnités journalières et la part des prestations de prévoyance financée par l'employeur viennent en déduction. Si la caisse a réduit ses indemnités, par exemple en cas d'hospitalisation ou de sanction, le calcul tient compte de leur montant intégral.
Ce que change la convention collective
Le régime légal n'est qu'un minimum. De nombreuses conventions collectives et accords d'entreprise prévoient un maintien plus favorable, parfois sans carence, avec un salaire de référence ou des durées différentes, et une articulation précise avec la prévoyance de branche. C'est souvent ce régime conventionnel qui s'applique en pratique, et c'est lui que nous contrôlons en premier.
Ce que vous pouvez récupérer
- Des indemnités journalières dues à l'employeur subrogé, jamais réclamées faute de suivi.
- Des prestations de prévoyance non perçues parce que l'arrêt n'a pas été déclaré à l'organisme.
- Des sommes versées en double au salarié, à régulariser avec lui dans les règles.
- Des cotisations appliquées à tort sur des indemnités qui n'y étaient pas soumises.
La mission peut porter sur un arrêt long en particulier, sur une année entière ou sur l'ensemble des arrêts en cours. Elle se combine utilement avec un contrôle des cotisations et allègements. Votre interlocuteur reste joignable au +33(0)6 51 68 20 10 pendant toute la durée des travaux.
Questions fréquentes
Vos questions sur les IJSS et la prévoyance
La subrogation est-elle obligatoire ?
Elle ne l'est pas dans tous les cas. Lorsque l'employeur maintient le salaire, en tout ou partie sous déduction des indemnités journalières, et que ce salaire est au moins égal au montant de ces indemnités, il est subrogé de plein droit en application de l'article R323-11 du Code de la sécurité sociale. Certaines conventions collectives l'imposent aussi. Dans les autres situations, l'employeur peut la demander dans le signalement d'arrêt de travail.
Comment savoir si la caisse a bien versé les indemnités journalières ?
L'employeur subrogé dispose des bordereaux de paiement des indemnités journalières, consultables sur net-entreprises. Sans subrogation, le salarié reçoit les paiements et dispose de ses relevés. Nous rapprochons ces documents des montants retenus sur les bulletins, arrêt par arrêt.
Que faire si nous avons déduit des IJSS jamais versées au salarié ?
Il faut d'abord comprendre pourquoi la caisse n'a pas payé : signalement absent ou incomplet, condition d'ouverture non remplie, certificat transmis hors délai. Selon la cause, nous relançons la caisse ou régularisons le salaire. Le salarié ne doit pas supporter une perte liée à une erreur de traitement.
À partir de quand la prévoyance prend-elle le relais ?
Selon le contrat, après une franchise exprimée en jours d'arrêt, souvent calée sur la fin du maintien de salaire. Le contrat précise aussi le niveau garanti, parfois exprimé en pourcentage du salaire brut, parfois sous forme de garantie de net. Nous lisons le contrat, déclarons l'arrêt dans les délais et suivons les versements.
Les indemnités journalières sont-elles soumises à la CSG ?
Oui, à la CSG et à la CRDS au taux applicable aux revenus de remplacement, mais pas aux cotisations salariales. En cas de subrogation, leur traitement sur le bulletin doit éviter de les soumettre deux fois ou de les exonérer à tort. Le complément employeur, lui, est soumis aux cotisations comme un salaire.
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Des arrêts de travail à vérifier ?
Transmettez-nous la liste des arrêts concernés, les bulletins de la période et, si vous en disposez, les bordereaux de la caisse et les relevés de l'organisme de prévoyance. Nous revenons vers vous sous 24 h ouvrées.